보건복지부는 요양기관에 대한 실사권(소속공무원에 의한 질문ㆍ검사권)은 위법사실 발견 시 처벌을 전제로 하는 강제적인 행정조사인 정부의 공권력인 만큼 건강보험공단의 실사권 직접행사는 불가하다는 입장을 거듭 천명했다.복지부는 한나라당에 제출한 국정감사자료에서 이같이 밝히고, 일본ㆍ미국 등도 정부가 현지조사권(실사)을 행사하고 있다며 공단의 실사권 행사를 인정할 수 없다는 점을 분명히 했다． 복지부에 따르면 요양급여비용에 대한 심사는 법제43조제2항 및 법제56조에 근거, 요양기관의 청구내용이 복지부가 정한 요양급여기준 등에 적합한지를 심사평가원에서 검토해 그 결과를 공단 및 요양기관에 통보한다.또한 심사평가원의 심사과정에서 허위ㆍ부정청구가 발견될 경우나, 공단의 진료내역통보 및 수진자조회 결과 허위ㆍ부정청구가 확인된 경우에는 복지부에 조사를 의뢰해야 한다는 것이다.복지부는 의뢰된 요양기관에 대해서는 복지부에서 계획을 수립하고 조사하고 있으며, 조사의 효율화를 위해 2004년 8월부터 공단 직원이 조사에 참여토록 하고 있다고 밝혔다． 한편, 요양기관 실사권에 대해서는 지난해 국정감사에서도 뜨거운 논쟁거리로 부각되었으며, 실사권의 법적합성과 합목적성에 대해 정확한 해석을 법제처에 의뢰한 결과 공단은 요양기관의 임의적인 협력을 전제로 동기관의 정상적인 진료를 저해하지 아니하는 범위안에서 제한적이고 부분적인 현지확인을 수행할 수 있으나 전면적이고 포괄적인 현지조사는 불가하다는 유권해석을 내렸다．
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