보건복지부가 2005년에 의약품 분류체계를 전반적으로 재검토할 계획인 것으로 알려졌으나 분류체계 개선방안 연구에 임상의사들이 배제돼 논란이 되고 있다． 보건복지부는 최근 보건의료기술연구개발 정책연구과제로 선정한 '의약품 분류체계 개선방안 연구'를 숙명여대 의약정보연구소와 계약체결하고 현행 약사법상의 의약품 분류체계를 전반적으로 고찰해 문제점을 합리적으로 개선하기 위한 적정방안을 마련할 것이라고 밝혔다．그러나 의협은 현행 의약품 분류체계에 대한 개선 작업이 필요하다는 것에는 동의하지만 의약품 분류작업에 의사들이 적극적으로 참여하지 못하는 것은 문제가 있다고 지적했다． 의협은 질병의 진단, 치료, 경감, 처치 또는 예방의 목적으로 사용되거나 인체의 구조기능에 약리적 영향을 주기 위한 목적으로 사용되는 '의약품'에 대한 분류작업은 신중해야 하고, 의약품 분야를 두루 섭렵한 전문가에 의해 이루어져야 한다며, 복지부 연구용역에 제동을 걸었다． 의협에 따르면 복지부는숙명여대 의약정보연구소 연구용역은 2005년 의약품 분류체계 재검토 작업의 일환으로 시행되는 것인만큼 문제의 심각성이 크다는 입장이다.의협은 숙명여대 의약정보연구소는 약사 중심의 연구소로 의약품 재분류 작업 시 가장 중요한 임상전문가인 의사가 배제돼 있어 특정 직역의 입장만 대변할 수 있다며 복지부에 시정해줄 것을 건의했다． 의협 한 관계자는 '만약 이러한 의견이 받아들여지지 않는다면 의약간의 갈등이 더욱 심해질 것'이라며, '복지부는 연구용역자 교체나 의료계 쪽에 대한 별도의 연구용역을 주어야 한다'고 말했다． 한편, 복지부는 이번 연구용역사업은 2005년에 의약품 분류체계 재검토의 일환으로 실시하는 것이 아니며 특정 직역만을 고려해 형평성을 저해하는 사례는 없을 것이라고 밝혔다．
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